Petite histoire d'agents infectieux qui ont changé la vie des humains

Et si l’histoire recommençait ?

Quand on parle « Homme et Nature », on pense aux menaces qui pèsent sur la biodiversité, aux services écosystémiques, à la protection des plantes et animaux... mais qui aurait pensé qu'un invisible contraindrait en quelques semaines plus de trois milliards de personnes à rester confinées ? Et oui car c'est une toute petite entité 100 nanomètres qui est en train de décider des cours de la bourse, du prix du baril du pétrole, de bloquer les déplacements et les échanges internationaux etc. Une situation inédite, direz-vous ? Pas tant que ça parce que ce n'est pas la première fois que des pathogènes modifient le cours de l'histoire. Si la conquête de l'Amérique par les européens a été rapide, ce n'est pas parce que les conquistadors étaient de valeureux guerriers, mais plutôt parce qu'ils ont apporté avec eux toutes les maladies auxquelles les populations européennes étaient confrontées depuis quelques millénaires et qui ont décimé les indiens pour qui elles étaient nouvelles. 

L’émigration irlandaise

Et si, au 19ème siècle, les irlandais ont émigré en masse, c'est aussi à cause d'un agent infectieux. C'est en effet un champignon microscopique, le mildiou qui a causé une famine sans précédent en décimant les cultures de pommes de terre. En quelques années, sur les 8,5 millions d'habitants que comptait l'Irlande, un million de personnes sont mortes et un million et demi ont émigré, principalement vers l'Amérique du Nord. Bien évidemment, le mildiou, avec ses petites spores, n'est pas le seul responsable de cette catastrophe humaine, que certains qualifient de génocide, et pour laquelle, un siècle et demi plus tard, le Premier Ministre Tony Blair a présenté des excuses publiques. Des conditions météorologiques estivales déplorables (pluie et vent), pendant quatre années consécutives, ont en effet permis la prolifération et la dispersion du champignon. Sa tâche a été considérablement facilitée par le fait que l'essentiel des plants de pomme de terre appartenait à une seule variété, l'Irish Lumper, adaptée à des terrains pauvres et humides et réputée pour ses excellents rendements, mais particulièrement sensible au mildiou ! Mais ce n'est pas tout. Cette pénurie alimentaire est arrivée sur fond d'énormes inégalités sociales, avec de riches propriétaires terriens qui avaient accès à une alimentation diversifiée et ont continué à exporter de la nourriture hors d'Irlande, tandis que les paysans pauvres étaient entièrement dépendants de la pomme de terre, facile à cultiver et peu exigeante en place. Les conditions météorologiques clémentes qui ont régné au début du 19ème siècle ont permis de satisfaire aux besoins de la population, dont l'effectif a d'ailleurs presque doublé en quarante ans. Quand la famine apparaît, elle affaiblit rapidement les organismes, qui sont alors décimés par des maladies telles que la tuberculose, le typhus, le choléra ou la diphtérie (pour ne citer qu'elles), qui sont aussi favorisées par la promiscuité et le manque d'hygiène ou d'accès à l'eau potable. Et comme la seule issue possible est de fuir vers des contrées plus prometteuses, ces maladies se répandent alors sur les bateaux chargés d'émigrants et déclenchent des épidémies aux Etats Unis et au Québec. Les systèmes de soins et d'aide sont rapidement débordés et la cause de la pénurie en pomme de terre n'est pas immédiatement identifiée, de sorte que les mesures tardent à être mises en place. 

Les acteurs changent, mais les mécanismes biologiques se ressemblent

Un bio-agresseur + des conditions environnementales, une démographie galopante, des populations à risque, un manque de connaissances et une réaction tardive... ça ne vous rappelle rien ? Si dans l'exemple ci-dessus le fauteur de troubles s'attaque à une plante alimentaire, dans la plupart des catastrophes sanitaires, le responsable est un agent pathogène (= qui cause la maladie) infectant les humains. Virus, bactérie, eucaryote uni- ou pluricellulaire... peu importe son pedigree, c’est un parasite (= organisme qui en exploite un autre, l'hôte, et lui cause des dommages). Mais si le coupable sait très bien exploiter et se transmettre d'un hôte à l'autre, il ne suffit pas, à lui seul, à déclencher une épidémie de grande ampleur. C'est en effet la conjonction de facteurs : biologiques (la compatibilité entre le parasite et ses hôtes), environnementaux (les conditions dans lesquelles le binôme hôte parasite vit et évolue), évolutifs (la diversité des parasites et des hôtes et leur capacité à répondre aux pressions de sélection) et socio-économiques qui permet l'émergence de nouvelles maladies, leur maintien et leur expansion. 

Et on peut remonter le fil historique des grandes épidémies

L'humanité n'en est pas à sa première expérience en la matière : l'histoire des populations humaines est en effet jalonnée de grandes transitions épidémiologiques, qui correspondent toutes à des bouleversements profonds dans le fonctionnement des sociétés et dans leurs interactions avec l'environnement. La première a eu lieu au Néolithique, il y a quelques milliers d'années. Passant d'un mode de vie nomade-cueilleur-chasseur à un mode sédentaire-cultivateur-éleveur, les humains voient leur densité augmenter, sont plus facilement en contact avec les déchets et déjections, en promiscuité avec les animaux nouvellement domestiqués et avec la faune commensale qui vient se repaître des restes et des stocks de nourriture. C'est alors qu'émergent, dans des populations affaiblies par la malnutrition, des maladies telle que la variole, la diphtérie, la rougeole etc. Il s'agit de zoonoses, comme dans l'immense majorité des émergences, c'est à dire de maladies d’animaux, dont l'agent infectieux se transfère à l'humain et acquiert la capacité à circuler dans les populations humaines. La deuxième transition, dite intracontinentale début environ mille ans avant notre ère et se prolonge pendant tout le Moyen âge. Elle coïncide avec le développement du commerce et des guerres en Eurasie et plus particulièrement autour du bassin méditerranéen. Ainsi, des pathogènes, précédemment acquis se répandent dans les populations ; parallèlement, des vecteurs (qui transmettent) ou des réservoirs (chez qui la maladie circule en dehors des populations humaines) sont introduits, permettant aussi la propagation des maladies. Un des meilleurs exemples est sans doute celui de la peste, transportée par bateaux en même temps que les rats porteurs du bacille et les puces vectrices. L'épidémie dite « peste de Justinien », qui a duré entre 540 et 760, a probablement décimé 25% de la population méditerranéenne. La troisième transition est inter-continentale. Elle débute en l'an 1492, avec l'arrivée des européens en Amérique du Sud, qui y importent tout un cortège de maladies (diphtérie, variole, rougeole etc) acquises au Néolithique. Les populations européennes ont coévolué  avec ces pathogènes durant quelques millénaires, tandis que les populations amérindiennes présentaient un système immunitaire totalement naïf vis à vis de ces pathologies. Ces maladies importées ont décimé 90% des amérindiens. La quatrième transition est celle de l'ère industrielle, à partir du milieu du 19°siècle. Elle correspond au développement des villes, avec de fortes densités de populations, dans un contexte d'insalubrité. On voit donc ressurgir des maladies infectieuses telles que le choléra ou la tuberculose. L'amélioration des conditions d'hygiène et le développement des moyens prophylactiques permettent, au 20ème siècle, un recul de ces maladies transmissibles, tandis que les pathologies chroniques amorcent leur essor. On pense donc que le pire en matière d'agents infectieux est derrière nous, mais hélas ! La pandémie de Sida qui a débuté au 20°siècle a fait comprendre que la partie est loin d'être gagnée. SARS, grippe aviaire, Ebola et maintenant Covid-19, nous voici en pleine cinquième transition épidémiologique, largement favorisée par l'expansion démographique, la mondialisation des échanges, l'agriculture intensive, l'élevage industriel et les bouleversements majeurs que nous faisons subir aux écosystèmes ! La pandémie actuelle n'est probablement pas la dernière. Il serait peut être donc grand temps d'apprendre les leçons épidémiologiques du passé pour mieux prévoir et anticiper notre futur sanitaire. Mettre en oeuvre tous les systèmes de protection et de soins une fois l'épidémie en place et essayer d'en prévoir l'issue, c'est évidemment indispensable, mais largement insuffisant si on ne veut pas se laisser surprendre et dépasser par les pathogènes. Le meilleur système de soin est celui qui évite de tomber malade ! Pour anticiper, il faut comprendre ; comprendre où sont les agents infectieux en puissance, où et comment ils circulent, quels sont les facteurs environnementaux (naturels ou anthropiques) susceptibles de favoriser leur transfert aux hôtes humains, quelle est leur probabilité de transmission, quel est leur risque de devenir plus virulents ... autant de questions qui relèvent de l'écologie ! Et oui, l'écologie ce n'est pas que l'étude des plantes et des animaux ; la compréhension de la répartition, la diversité et l'évolution des agents infectieux est aussi au centre des questions en écologie. 

Jusqu’au SARS-Cov2...

Alors justement, que sait-on du fameux SARS-Cov2, agent de la désormais célèbre maladie Covid-19, qui justifie les mesures actuelles ? Comment se fait-il qu'un minuscule virus nous contraigne à rester chez nous et à respecter scrupuleusement les gestes barrières ? Le R0, ou taux de reproduction de base d'une infection est le nombre d'individus sains qu'un individu atteint peut contaminer. Dans le cas de la Covid-19, il est estimé entre deux et trois. Chaque personne porteuse du virus, qu'elle exprime des symptômes ou non, contamine donc en moyenne deux à trois nouvelles personnes, qui à nouveau en contaminent deux ou trois, et ainsi de suite. On comprend donc pourquoi le nombre de cas augmente de façon exponentielle et pourquoi les hôpitaux sont débordés ! Après l'infection, vient la guérison ; les personnes qui ont été infectées, avec ou sans symptômes, et s'en sont sorties, gardent une mémoire immunitaire et ne peuvent plus (au moins pour le moment) être contaminées. Lorsque le nombre de ces « guéris » (qui, pour les asymptomatiques, pourraient être identifiés si on disposait de tests sérologiques en quantité suffisante), est suffisamment important, il n'y a plus assez d'hôtes susceptibles pour entretenir l'épidémie : le R0 passe en dessous de 1 et l'épidémie s'éteint. L'enjeu est donc de ralentir la propagation de la maladie pour franchir le pic épidémique puis voir redescendre le R0 tout en arrivant à gérer les cas graves. Les particules virales quittent leur hôte par les sécrétions, et aussi par les selles. La « porte d'entrée » du virus dans l'organisme, ce sont les muqueuses de la bouche et du nez ; la contamination se fait donc directement en ingérant ou en reniflant des gouttelettes émises en toussant ou en éternuant, mais aussi en portant à son visage des mains ou des objets contaminés, ou en embrassant une personne porteuse. Donc pas de bisous, on se salue de loin, on éternue ou on tousse dans son bras et surtout, très régulièrement, on se lave les mains et on nettoie les toilettes et toutes les surfaces ou objets qui sont touchés par les uns et les autres (poignées de portes, interrupteurs, plans de travail etc). L'enveloppe du virus étant lipidique, le savon est parfait pour éliminer le coronavirus ! Et comme nous sommes le véhicule de nos virus, on évite de se déplacer pour ne pas les colporter autour de nous. Donc, on reste tranquillement chez soi, on en profite pour relire les livres des Écolos ou les Échos qu'on n'avait pas eu le temps d'approfondir, pour classer toutes les photos naturalistes qu'on a accumulées depuis des années, pour tester les bricolages proposés par Kellie sur le site euziere.org : (http://www.euziere.org/?TutoNature) , pour mettre la tête à la fenêtre et écouter chanter les oiseaux qu'on entend beaucoup mieux sans les bruits de la circulation... et aussi, on se repose, on téléphone à ses proches pour prendre de leurs nouvelles et leur dire qu'on les aime... Bref, on fait ce qui nous plaît, mais on ne bouge pas de chez soi ! 

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